Hayvancılık işletmelerinden elde edilen organik gübre, kimyasal gübreye göre çok daha az çevre sorununa yol açar. Tarla ve bahçelerde bitkisel üretimde kullanılabilir. Ancak organik gübre, yüksek miktarda amonyak ve nitrat içerdiğinden taze olarak kullanılamaz; bu nedenle bir süre dinlendirilmelidir. Organik gübrelerin çevreye en çok zarar verdiği dönemler, uygunsuz depolama veya kurutma dönemlerindeki hatalı depolamadır (Follett ve ark. 0000).