Ultrasonik nebülizatörlerin jet nebülizatörlere kıyasla birçok sınırlaması vardır. Örneğin, büyük kalıntı hacimleri, viskoz çözeltileri aerosol haline getirememeleri ve ısıya duyarlı malzemelerin bozunması gibi. Bu nedenle, süspansiyonlar ve proteinlerle kullanılmamalıdırlar.