Yaygın anksiyete bozukluğunun nedeni bilinmemektedir, ancak nedenine dair bir dizi teori vardır. Yaygın anksiyete bozukluğu geliştirmeye yönelik kalıtsal bir eğilim olabilir. Nedensel teorilerden bazıları, çocuklukta meydana gelen travmatik olaylar, ciddi hastalıklar ve stresli yaşam deneyimleri gibi kişinin yaşamındaki deneyimlere dayanmaktadır. Anksiyete, kişinin kişiliğinin doğal bir parçası olabilir. Bazı ilaçlar ve tıbbi durumlar yaygın anksiyete bozukluğuna neden olabilir. Ayrıca, yaygın anksiyete bozukluğu olan kişilerin serotonin, gama-aminobütirik asit (GABA), norepinefrin ve dopamin gibi ruh halini iyileştirdiği düşünülen beyin kimyasallarını düşük seviyelerde üretebileceği teorileştirilmiştir. Beyindeki küçük bir yapı olan amigdalanın, korkutucu ve diğer oldukça duygusal olayların anıları için bir depo olduğu düşünülmektedir. Yaygın anksiyete bozukluğu olan kişilerde, aslında tehdit edici olmayan durumlara tepki verme eğiliminde olan aşırı hassas bir amigdala olabilir. Beyindeki fiziksel değişimlerin mi kaygıya yol açtığı, yoksa stresli durumların ve bunun sonucunda oluşan kaygının mı beyinde değişimlere yol açtığı sorusu hala yanıtsız.